search go!
Hrvatski  ::  English  

INCA 1.20a (prethodna verzija)

Kratki pregled mogućnosti

  • pronalazi i grafički prikazuje frekvencije kodona i aminokiselina
  • računa uobičajene indekse, poput effective NC, CAI i "codon bias"
  • potpuno prilagodive xy osi grafikona - uočite trendove u upotrebi kodona
  • izvoz grafike za uklapanje u dokumente, ili tekst datoteka za daljnje analize
  • samo-organizirajuća mapa (SOM) za vizualizaciju i clustering podataka
  • optimizacija upotrebe kodona radi bolje ekspresije heterolognih gena
  • generator nasumičnih nukleotidnih sekvenci
  • opsežne upute za korisnike i 15-minutni tutorial
  • dostupan za Win32 platformu; upotreba besplatna u akademske svrhe

INCA 2.1 + INCAblocks je dostupan!

INCA 2.1 mogućnosti

  • može učitati više datoteka (formati ncbi, kegg, cutg, fasta files)
  • snima i učitava 'projekte', uvozi numeričke podatke i frekvencije kodona
  • stvarajte grupe gena po vlastitoj volji; deskriptivne statistike i korelacija za grupe
  • 3D grafikoni, bojanje po bilo kojem kriteriju, grafički odabir i filtriranje
  • unaprijeđena SOM, bazirana na MILC statistici, više mogućnosti vizualizacije
  • principal component analysis (PCA) in grafikonima, tablici i SOM-i
  • generator nukleotidnih sekvenci velikih mogućnosti
  • "INCAblocks 2.1" je Pascal source code dijela INCA-e koji omogućuje brzo pisanje vlastitih programa
  • razna unaprijeđenja sučelja; za Windowse i Linux

Ako ste koristili INCA-u u svom radu, molimo vas da citirate:

Supek F, Vlahovicek K; INCA: synonymous codon usage analysis and clustering by means of self-organizing map. Bioinformatics. 2004 Sep 22;20(14):2329-2330 (PubMed link)


Možda će vas zanimati i ...

Adobe Reader za pdf dokumente

kompletni genomi mikroba @ NCBI

|