INCA 1.20a (prethodna verzija)
Kratki pregled mogućnosti
- pronalazi i grafički prikazuje frekvencije kodona i aminokiselina
- računa uobičajene indekse, poput effective NC, CAI i "codon bias"
- potpuno prilagodive xy osi grafikona - uočite trendove u upotrebi kodona
- izvoz grafike za uklapanje u dokumente, ili tekst datoteka za daljnje analize
- samo-organizirajuća mapa (SOM) za vizualizaciju i clustering podataka
- optimizacija upotrebe kodona radi bolje ekspresije heterolognih gena
- generator nasumičnih nukleotidnih sekvenci
- opsežne upute za korisnike i 15-minutni tutorial
- dostupan za Win32 platformu; upotreba besplatna u akademske svrhe
INCA 2.1 + INCAblocks je dostupan!
INCA 2.1 mogućnosti
- može učitati više datoteka (formati ncbi, kegg, cutg, fasta files)
- snima i učitava 'projekte', uvozi numeričke podatke i frekvencije kodona
- stvarajte grupe gena po vlastitoj volji; deskriptivne statistike i korelacija za grupe
- 3D grafikoni, bojanje po bilo kojem kriteriju, grafički odabir i filtriranje
- unaprijeđena SOM, bazirana na MILC statistici, više mogućnosti vizualizacije
- principal component analysis (PCA) in grafikonima, tablici i SOM-i
- generator nukleotidnih sekvenci velikih mogućnosti
- "INCAblocks 2.1" je Pascal source code dijela INCA-e koji omogućuje brzo pisanje vlastitih programa
- razna unaprijeđenja sučelja; za Windowse i Linux
Ako ste koristili INCA-u u svom radu, molimo vas da citirate:
Supek F, Vlahovicek K; INCA: synonymous codon usage analysis and clustering by means of self-organizing map. Bioinformatics. 2004 Sep 22;20(14):2329-2330 (PubMed link)
