search go!
Hrvatski  ::  English  
Utjecaj duljine slijeda DNA na ponašanje mjera uporabe kodona.

Utjecaj duljine slijeda DNA na ponašanje mjera uporabe kodona (vidi rad za potpunije objašnjenje)

Što su MILC i MELP?

Za kvantitativno određivanje "uporabe kodona" ("codon usage") u genima koristi se veći broj metoda, odnosno mjera. Mnoge su pod utjecajem drugih svojstava gena, npr. duljine slijeda, što može uzrokovati velike sustavne pogreške. Stoga smo pokušali razviti mjeru bez ovakvih metodoloških grešaka.

Što smo napravili?

Usporedili smo uspješnost nekoliko mjera koje se najčešće koriste s novom koju smo sami odredili – "Measure Independent of Length and Composition" (MILC). Pri tome su korišteni dugački, nasumično određeni slijedovi kako bi se odredila ovisnost o

  • duljini slijeda DNA
  • sveukupnoj uporabi kodona
  • razlikama u uporabi kodona između slijedova DNA.

Za kvantitativno predviđanje genske ekspresije iz genomskih podataka koristili smo metodu koja se temelji na MILC-u - MELP ("MILC-based Expression Level Predictor"). MELP smo usporedili s ostalim sličnim metodama korelacijom MELP vrijednosti s eksperimentalnim podacima o količini RNA i proteina u stanici.

Zaključak

MILC ima široku moguću upotrebu jer je otporan na promjene u duljini gena i sastavu nukleotida, te zato što smanjuje količinu šuma u mjerenjima. S druge strane, u određenim uvjetima mogu se koristiti i neke druge mjere.

Uspjeh u predviđanju ekspresije gena kod nekoliko prokariota i jednostaničnih eukariota je varirao, ovisno o eksperimentalnim podacima i mjeri za predviđanje ekspresije. Od svih metoda, najkonzistentnije su bile MELP i Rainer Merklova GCB metoda. U predviđanju ekspresije na osnovi uporabe kodona pokazalo se da je najbolje koristiti referentni set s genima za poznate ribosomalne proteine.

 

Pročitajte cijeli rad

Fran Supek, Kristian Vlahoviček. Comparison of codon usage measures and their applicability in prediction of microbial gene expressivity. BMC Bioinformatics. 2005 Jul 19;6:182.
Free Full Text in BMC Bioinformatics >>>

 

Korištenje MILC-a

MILC je standardna mjera u programskom paketu INCA, koji je slobodno dostupan akademskim građanima za uporabu i na Windows i Linux operativnim sustavima. Download. MILC i MELP se također smiju implementirati u skripte i programe.

|